BED FILE FORMAT

BED file 포맷은 annotation에 나타나는 정보를 필수적으로 들어가야하는 3개의 필드와 9개의 option 필드로 제공합니다. 

주의해야 할 점은 예를들어 옵션 9개의 필드중 9번째 필드를 사용하고자 할 때 앞의 8가지를 필수적으로 채워 져야합니다. 

필수 3가지의 필드(fixed field)

1. chrom - 염색체 이름

2. chrom Start - 염색체의 시작 위치

3. chrom End - 염색체의 끝 위치 ★주의 :  chrom Start = 0, chrom End = 100 이라면 chrom 길이는 0~99까지 입니다.

옵션 9가지의 필드(optional field)

4. name - BED 행의 이름

5. score - 0에서 1000사이의 점수입니다. 

6. strand - strand를 정의합니다. ('+' or '-' or '.' )

7. thick Start - The starting position at which the feature is drawn thickly (for example, the start codon in gene displays). When there is no thick part, thickStart and thickEnd are usually set to the chromStart position.

8. thick End - The ending position at which the feature is drawn thickly (for example the stop codon in gene displays).

9. itemRGB - An RGB value of the form R,G,B (e.g. 255,0,0). If the track line itemRgb attribute is set to "On", this RBG value will determine the display  color of the data contained in this BED line. NOTE: It is recommended that a simple color scheme (eight colors or less) be used with this attribute to avoid overwhelming the color resources of the Genome Browser and your Internet browser.

10. blockCount - 엑손 수

11. blockSizes - 엑손 크기( ','로 구분됩니다.)

12. blockStarts - 엑손 시작 위치 (chrom Start를 기반으로 계산됩니다.)

출처 : https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html