SAM FILE Format

SAMFILE은 ?

SAM file은 NGS 시퀀싱 장비를 통해 나온 시퀀스를 reference Genome sequance에 mapping 한 text file입니다. 

하지만 samfile을 이용하기에는 용량이 다소 크기때문에 분석 flow상에서는 시간이 오래 걸릴 수 있기때문에 indexing된 binary file인 

BAM 파일을 많이 이용합니다. (보통 10배정도 용량 차이를 보입니다.)

반대로 말하자면 birnary file 이기 때문에 안에 있는 정보를 확인할 때는 samfile 을 사용합니다.

참고) BAMfile에서 SAMfile 변환 

samtools view -h -o SRR330917.sam SRR330917.bam

SAMFILE 포맷

텍스트 문서로 보면 행과 열이 보기가 불편하기때문에 Excel로 불러왔습니다.

처음부터 보자면 @HD 는 HeaDer의 약자로 버전 정보를 나타내주고 있습니다.

@SQ 는 reference 정보입니다. 예를 들어 위의 사진 속에서 2번째줄에서는 chr1은 249250621개의 size를 가지고 있다고 판단할 수 있습니다.

Header부분 밑으로 가보면 템플릿들의 정보가 필드로 나눠져있습니다. 

Col	Field	Type	Brief Description
1	QNAME	String	Query template NAME
2	FLAG	Int	bitwise FLAG
3	RNAME	String	References sequence NAME
4	POS	Int	1- based leftmost mapping POSition
5	MAPQ	Int	MAPping Quality
6	CIGAR	String	CIGAR String
7	RNEXT	String	Ref. name of the mate/next read
8	PNEXT	Int	Position of the mate/next read
9	TLEN	Int	observed Template LENgth
10	SEQ	String	segment SEQuence
11	QUAL	String	ASCII of Phred-scaled base QUALity+33