Convert Tsv to Biom File Format

MetaGenome 분석 파이프라인에서 OTU Table을 Biom 파일 Format으로 변환하여 메모리를 줄이는 방법이 이용되고 있습니다.

 

Biom 포맷은 v1.0.0과 v2.1.0이 사용되고 있는데 이 안내는 v1.0.0에 대한 설명입니다.

 

tsv파일을 biom으로 변환하는 방법은 json형식과 hdf5형식으로 biom으로 변환이 가능합니다.

 

Usage

biom convert -i feature-table.txt -o feature-table.biom --table-type="OTU table" --to-json

biom convert -i feature-table.txt -o feature-table.biom --table-type="OTU table" --to-hdf5

 

반대의 경우. 즉 , Biom파일을 사람이 읽기 쉽게 Tsv 파일로 변환하는 방법은 다음과 같습니다.

 

Usage

biom convert -i feature-table.biom -o feature-table.txt --to-tsv

 

추가정보)

만들어진 biom 파일을 qiime2로 Import (해당 정보는 qiim2 버전에 따라 달라질 수 있음)

 

구 버전)

qiime tools import --input-path feature-table.biom --type 'FeatureTable[Frequency]' --source-format BIOMV100Format --output-path table.qza

 

확인한 바로는 --source-format BIOMV100Format은 최신 버전에서는 넣는다면 에러가 발생합니다. 따라서 다음과 같이 command를 입력하여야 합니다.

 

2018년 이후 버전)

qiime tools import --input-path feature-table.biom --type 'FeatureTable[Frequency]' --output-path table.qza