Bioinformatics

R 자료형에는 4개로 볼 수 있습니다.



1. 숫자형(Numeric) : 정수와 실수가 포함됩니다.

2. 문자형(Character) : 문자

3. 논리형(Logical) : 쉽게 Yes or No 로 볼 수 있고 TRUE와 FALSE로 씁니다.

4. 결측치 : NA, NAN으로 나타냅니다.



모든 데이터는 위의 4가지 경우안에 포함됩니다.



하지만 숫자, 문자, 논리, 결측으로 표현되는 데이터들의 의미를 부여하고 활용하기 위해서는 틀에 담아야 합니다.



1. Vector : 벡터구조는 연속된 선형구조 형태로 이뤄져 있습니다. c언어의 배열과 유사합니다. 또한, 같은 유형의 자료형으로만 저장 될 수 있습니다.

              ex) vector <- c("a","b","c")

2. Matrix : 메트릭스 구조는 행렬 자료구조 입니다.  c언어의 2차원 배열과 유사합니다. 또한, 벡터와 마찬가지로 같은 유형의 자료형으로만 저장 됩니다.
              ex) matrix <- matrix(c(1:10) , nrow =2))
3. Array : 배열구조는 동일한 자료형의 갖는 다차원 배열구조 입니다. c언어의 3차원 이상의 다차원 배열과 유사합니다. 

4. List  : 리스트는 성격이 다른 모든 자료구조를 객체로 생성 할 수 있습니다. c언어의 구조체 python의 dictionary와 유사합니다. 하나의 메모리 영역안에             key와 value가 같이 저장됩니다. 

              ex) list <- list("a","b","c")

                   unlist <- unlist(list) ## list를 풀어서 vector형태로 반환 합니다.

5. DataFrame : 데이터프레임은 데이터 처리에 매우 효과적입니다. 데이터베이스의 테이블형태야 유사합니다. 각 column 별로 다른 데이터 자료형을 사용                      할 수 있습니다.

              ex) dataframe <- data.frame(A=c("a","b","c"),B=c("b","c","d"))

A sequence is an ordered collection of objects (usually numbers), which are allowed to repeat. Sequences can be finite or infinite. Two examples are the finite sequence (π,−2–√,0,π)$(\pi ,-\sqrt{2},0,\pi )$ and the infinite sequence of odd numbers (1,3,5,7,9,…)$(1,3,5,7,9,\dots )$. We use the notation an$a_n$ to represent the n$n$-th term of a sequence.

A recurrence relation is a way of defining the terms of a sequence with respect to the values of previous terms. In the case of Fibonacci's rabbits from the introduction, any given month will contain the rabbits that were alive the previous month, plus any new offspring. A key observation is that the number of offspring in any month is equal to the number of rabbits that were alive two months prior. As a result, if Fn$F_n$ represents the number of rabbit pairs alive after the n$n$-th month, then we obtain the Fibonacci sequence having terms Fn$F_n$ that are defined by the recurrence relation Fn=Fn−1+Fn−2$F_n=F_{n-1}+F_{n-2}$ (with F1=F2=1$F_1=F_2=1$ to initiate the sequence). Although the sequence bears Fibonacci's name, it was known to Indian mathematicians over two millennia ago.

When finding the n$n$-th term of a sequence defined by a recurrence relation, we can simply use the recurrence relation to generate terms for progressively larger values of n$n$. This problem introduces us to the computational technique of dynamic programming, which successively builds up solutions by using the answers to smaller cases.

Given: Positive integers n≤40$n\le 40$ and k≤5$k\le 5$.

Return: The total number of rabbit pairs that will be present after n$n$ months, if we begin with 1 pair and in each generation, every pair of reproduction-age rabbits produces a litter of k$k$ rabbit pairs (instead of only 1 pair).

n=35
k=4
a=1
b=0
c=a*k
for i in range(1,n):
    a=a+b
    b=c
    c=a*k
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ShortRead 패키지는 NGS과정에서 나온 FASTQ 파일 처리를 담당합니다.