파이썬 정규식 활용

2018. 11. 12. 14:54

정규식을 사용하면 매우 편하게 원하는 정보를 획득할 수 있습니다.

>dme-miR-13b-2-5p MIMAT0020797 Drosophila melanogaster miR-13b-2-5p

GCGUCAAAAUGACUGUGAGCUAUG

>dme-miR-14-5p MIMAT0020798 Drosophila melanogaster miR-14-5p

GGGAGCGAGACGGGGACUCACU

>dme-miR-14-3p MIMAT0000120 Drosophila melanogaster miR-14-3p

UCAGUCUUUUUCUCUCUCCUAU

>mmu-let-7g-5p MIMAT0000121 Mus musculus let-7g-5p

UGAGGUAGUAGUUUGUACAGUU

>mmu-let-7g-3p MIMAT0004519 Mus musculus let-7g-3p

ACUGUACAGGCCACUGCCUUGC

>mmu-let-7i-5p MIMAT0000122 Mus musculus let-7i-5p

UGAGGUAGUAGUUUGUGCUGUU

>mmu-let-7i-3p MIMAT0004520 Mus musculus let-7i-3p

CUGCGCAAGCUACUGCCUUGCU

>mmu-miR-1a-1-5p MIMAT0016979 Mus musculus miR-1a-1-5p

ACAUACUUCUUUAUAUGCCCAUA

위와 같은 텍스트 파일에서 >mmu와 다음줄만 남기고 싶다면 많은 방법이 있겠지만 다음과 같은 코드로도 추출할 수 있습니다.

import re

f = open("mature.fa", "r") //원하는 파일을 불러옵니다

mmu = [] //빈배열을 만듭니다

lines = f.readlines()

count = 0

for line in lines :

if count == 1 :

mmu.append(line)

count = 0

if re.search('^>mmu',line):

print("A")